L’instruction 13 L-1-06 du 24 janvier 2006 de la DGI publiée au Bulletin Officiel des Impôts consacrée au contrôle des comptabilités informatisées a pour objectif de renforcer les moyens de vérification de l’administration en cas de contrôle fiscal. Le non respect de ces dispositions peut conduire à un rejet de la comptabilité.

Peuvent entraîner l’évaluation d’office des bases d’imposition prévues à l’article L.74 du livre des procédures fiscales, les actions suivantes :

• les manquements aux obligations de conservation et de présentation.
• l’opposition au contrôle informatisé.

Les obligations fiscales de conservation et de présentation

L'article L. 102 B du livre des procédures fiscales définit les obligations de conservation des documents sur lesquels l'administration peut exercer son contrôle :

« Les livres, registres, documents ou pièces sur lesquels peuvent s'exercer les droits de communication, d'enquête et de contrôle de l'administration doivent être conservés pendant un délai de six ans à compter de la date de la dernière opération mentionnée sur les livres ou registres ou de la date à laquelle les documents ou pièces ont été établis. »

L'article 54 du code général des impôts, pose comme principe que les contribuables « sont tenus de représenter à toute réquisition de l'administration tous documents comptables, inventaires, copies de lettres, pièces de recettes et de dépenses de nature à justifier l'exactitude des résultats indiqués dans leur déclaration. »

Ainsi, l'administration peut demander indistinctement, mais non limitativement, l'ensemble des éléments gérés par les systèmes informatisés de :

• comptabilité générale (livre-journal, balance, livre d'inventaire, etc.) ;
• comptabilité analytique ou budgétaire quand elle existe […],
• registres, documents, pièces et déclarations contrôlés par l'administration ( calcul des provisions, détermination de coûts de production, d'achat, de revient ou de transfert, des marges, etc.) ;
• gestion commerciale (articles, tarifs, factures, remises, clients, fournisseurs, etc.) ;
• système de caisses et de recettes ;
• gestion des stocks (quantités, valorisation, destructions, pertes, etc.) ;
• gestion de production (détermination des prix de revient industriels, etc.) ;
• gestion des immobilisations (validation des montants de dotations aux amortissements, etc.) ;
• gestion du personnel (temps de présence, rémunération, etc.) ;
• documentation des logiciels comptables utilisés.